1980年长春铁路运输法院筹备建立，1982年正式办案。2012年7月1日移交吉林省高级人民法院管理，是长春铁路运输中级法院所辖5个基层法院之一。 长春铁路运输法院办公楼现落座于吉林省长春市宽城区庆丰路766号，办公面积5678.91平方米。内设机构5个，其中包括立案庭（诉讼服务中心）、综合审判庭、执行局、政治部（审务督察室）、综合办公室。另设司法警察大队，为本院直属机构。定编43名，其中政法专项编39名，机关工勤编4名。现员27名，其中大学本科以上学历26名，大专学历1名。 案件管辖：主要审理同级铁路运输检察院依法提起公诉的刑事案件；审理铁路运输人身损害责任纠纷和铁路货物运输合同、旅客运输合同纠纷等民商事案件。2019年4月1日经最高院批复扩大案件管辖，指定长春铁路运输法院集中管辖长春市九个区的交通运输合同纠纷民事诉讼案件（共11类）、环境资源类民事诉讼案件（共11类）和市直各行政机关为被告的行政诉讼案件，也包括市直机关作为复议机关一并作被告的案件。2022年9月26日经最高人民法院和中共吉林省委机构编制委员会办公室批准，指定管辖吉林省长春市辖区内基层人民法院管辖的环境资源刑事、民事、行政案件及其他公益诉讼案件。多次获得沈铁中院系统“优秀法院”荣誉称号，曾获辽宁省政法委“人民满意优秀法院”荣誉称号，荣立集体二等功二次，2019年获吉林省“优秀法院”荣誉称号。

      长春铁路运输法院历任院长为：陈玉峰、任俊发、刘景春、曲维东、王洪富、顾吉正。